Donnie Darko est un adolescent de seize ans pas comme les autres. Intelligent et doté d'une grande imagination, il a pour ami Frank, une créature que lui seul peut voir et entendre.
Lorsque Donnie survit par miracle à un accident, Frank lui propose un étrange marché. La fin du monde approche et ce dernier doit accomplir sa destinée. Des événements bizarres surviennent dans la petite ville tranquille, mais Donnie sait que derrière tout cela se cachent d'inavouables secrets. Frank l'aidera à les mettre à jour, semant ainsi le trouble au sein de la communauté.